教育部核定本校於106學年度起設立食品安全研究所 (以下簡稱本所) 碩士班，本所歸屬於農業暨自然資源學院 (以下簡稱農資學院) 之獨立所，每年招收碩士班15名學生，教育核心即為加強臺灣食品安全人才培育。
本所為一跨領域研究所，教師教學及研究分屬食品安全管控、毒理學、風險分析及公共衛生等四領域。食品風險評估、毒理學、質譜技術於食品安全之應用、高等食品分析實習 (或高階食品檢驗分析實驗)及食品安全流行病學等5課程，為本所指定應修核心課程，為學生畢業之必要條件。本所教師陣容堅強，包括5位專任教師以及4位合聘教師，分屬食品科學、毒理學、化學、風險分析及公共衛生等領域，均為其所屬領域之翹楚。授課教師群跨學院及跨系所，涵蓋本校食品暨應用生物科技學系、動物科學系、獸醫病理生物學研究所、微生物暨公共衛生研究所、分子生物學研究所及國際政治研究所等系所。
本所課程首重學生實作專業訓練，因此課程規劃校外實習課程，並將實驗課程列為指定應修核心課程。食品安全衛生管理實務(一)及(二)，係專為研究生設計之校外(內)專業實習課程，並與中部地區之政府部門、食品產業及校內研究單位與商轉單位充分合作，學生至該等實作場域實習140小時以上，給予學生第一線之實務訓練。「高等食品分析實習」或「高階食品檢驗分析實驗」為本所指定應修核心課程，列為畢業之必要條件。
本所位於本校「食品與農業安全檢測大樓」第五樓層，該大樓已於107年11月落成，本所於109年7月遷入。此外，「農產品驗證中心」、「土壤調查試驗中心」、「農產品農藥殘留檢測中心」及「食品及畜產品安全檢測中心」亦位於該大樓之第四至第九樓層，與本所形成緊密連結，亦成為本所學生實作之最佳場域。
本所教育目標與學生核心能力如下:
教育目標
- 培養學生具備食品安全所需之跨領域專業知識及實務操作能力。
- 強化學校與區域城鄉在地連結合作，成為區域發展食品安全之核心基地，提升國內食品產業及食品安全教育。
學生核心能力
- 運用及整合食品安全管控、風險分析、毒理學及流行病學之專業知識及能力。
- 具備食品安全之實務專業訓練及研究能力。
- 培養食品安全管理之全球化視野。
- 培養邏輯、獨立思考及解決問題之能力。
策略增長領域（Strategic Growth Areas）
- 食品安全管控、風險分析、毒理學、流行病學。
學生核心競爭力 （Core-Competency）
- 食品安全之實務專業訓練及研究能力。
- 具備食品安全管理之全球化視野。