教育部核定本校於106學年度起設立食品安全研究所碩士班，本碩士班歸屬為農業暨自然資源學院(農資學院)下之獨立所，每年招收15名學生，培育食品安全研究之人才。
本所教師陣容堅強，包括4位專任(案)教師及11位合聘教師，均具博士學位，分屬食品科學、毒理學、化學、風險評估及公共衛生等領域，均為其所屬領域之翹楚。授課教師跨學院及跨系所，涵蓋本校食品暨應用生物科技學系、動物科學系、化學系、獸醫病理生物學研究所、微生物及公共衛生研究所、行銷學系、環境工程學系及法律系等系。本所將位於本校興建中之「食品與農業安全檢測大樓」五樓，該大樓預計108年完工，將與同棟建築物之本校「農產品驗證中心」、「土壤調查試驗中心」、「農產品農藥殘留檢測中心」及「食品及畜產品安全檢測中心」密切結合，共同提供學生實務學習之場所。此外，本所課程亦將與中彰投縣市衛生局及衛福部食藥署中區管理中心合作，給予學生第一線之實務訓練，以完備食品安全之專業養成。
本所教育目標與學生核心能力如下:
教育目標
- 培養學生具備食品安全所需之跨領域專業知識及實務操作能力。
- 強化學校與區域城鄉在地連結合作，成為區域發展食品安全之核心基地，提升國內食品產業及食品安全教育。
學生核心能力
- 運用及整合食品安全管控、風險分析、毒理學及流行病學之專業知識及能力。
- 具備食品安全之實務專業訓練及研究能力。
- 培養食品安全管理之全球化視野。
- 培養邏輯、獨立思考及解決問題之能力。
策略增長領域（Strategic Growth Areas）
- 食品安全管控、風險分析、毒理學、流行病學。
學生核心競爭力 （Core-Competency）
- 食品安全之實務專業訓練及研究能力。
- 具備食品安全管理之全球化視野。